作为丰田MR2系列的最后一代车型，代号ZZW30的MR-S于1999年问世。这款车回归驾驶乐趣的本质，摒弃了涡轮增压发动机，将整车重量控制在1000kg以内。尽管价格更为亲民，但MR-S未能赶上最佳时机，在坚持了八年后不得不停产。

早在1995年东京车展上，丰田就展出了名为MRJ的概念车，当时被视为第二代MR2的继任者。然而，由于正值SUV兴起的时代，加上日本经济泡沫化的影响，丰田对新车开发的积极性较低。直到1999年，MR-S才正式面世。这款车从双门双座设计改为敞篷形式，在车身尺寸、机械结构、性能和售价等方面都较上一代更为精简，但依然保持了中置引擎后轮驱动的设计，带来出色的驾驶乐趣。车身尺寸为3885×1695×1235mm，轴距2450mm。造型比第二代更为内敛，取消了跳灯，车顶也改用手动软篷取代T-Bar结构，使整车重量降至970kg，比第二代轻了约230kg。

内饰方面强调简洁实用，最显著的特征是两个运动型桶椅。标准配置包括：白底三环冷光仪表盘、方向盘换挡按钮、手动空调、2DIN音响主机、铝合金油门/刹车/离合器踏板、电动车窗、金属排挡杆头（仅自动挡）、电动折叠后视镜以及小型液压助力转向系统（EHPS）。另外，厂家还为车主提供了可拆卸的FRP硬顶选配。

动力系统采用代号1ZZ-FE的1794cc直列四缸DOHC VVT-i喷射发动机，最大输出功率为140hp，峰值扭矩17.4kgm。初期配备五速手动变速箱，2000年8月追加了五速序列式手自一体变速箱，2002年小改款时升级为六速序列式手自一体变速箱。这些改进让最小转弯半径仅为5.0米的MR-S驾驶乐趣更上一层楼，平均油耗达到14.0km/L。底盘采用前后麦弗逊式独立悬挂。

2002年的小改款对前保险杠进气口造型进行了优化，并增加了两侧雾灯，尾灯改为双圆柱设计，整体外观更显精致。轮胎规格也从前185/55R15、后205/50R15升级为前205/50R15、后215/45R16。2006年11月推出限量1000台的"MR-S Final Version"终极版，采用红色真皮内饰、座椅和软篷，彰显其独特性。

MR-S是1984年上市的MR-2第三代车型，也是日本唯一的中置引擎后轮驱动敞篷小跑车。该车上市时正值日本经济泡沫前期，当时消费者购买跑车就像买普通家用车一样轻松。但随着经济泡沫破裂、消费观念改变和SUV潮流兴起，敞篷跑车逐渐成为车企的负担。最终，MR-S在2007年7月推出限量"Final Version"后正式停产。